1月27日傍晚，塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦边境爆发冲突。吉方指责塔方使用包括迫击炮和榴弹发射器在内的武器，并称塔方正在将重型装备运往边境。塔吉克斯坦国家安全委员会则称是吉方从吉尔吉斯斯坦境内向塔吉克斯坦方向开火，使用了迫击炮和无人机，并造成平民伤亡。不同的消息源显示，双方皆有少则十数人，多则数十人受伤（至少一人死亡）。
随着双方冲突的加剧，边境村庄的居民开始逃离自己的家园。吉尔吉斯媒体报道，边防军人一边抵御塔吉克斯坦军人的侵略，一边将妇女、儿童和老人从冲突区撤离。杜尚别军队还在交火中使用了火箭筒和迫击炮。
为平息局势，塔吉克斯坦国家安全委员会主席拉赫莫纳利上将与吉尔吉斯国家边防局局长沙尔舍耶夫少将进行了电话沟通，但冲突仍然没有停止的迹象。吉尔吉斯媒体24kg称，塔吉克人不但没有停止射击，还不断将重型军事装备和人员转移到边境。
在冲突发生后，集体安全条约组织秘书长斯坦尼斯拉夫·扎斯27日分别与塔吉克斯坦安全会议秘书纳斯鲁洛·马赫穆德佐达和吉尔吉斯斯坦安全会议秘书马拉特·伊曼库洛夫通电话，呼吁双方立即停火。扎斯强调，“（吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦）边境重新爆发冲突并导致人员受伤的情况令人严重关切。双方必须立即停止武装对峙，一切问题都应通过和平谈判加以解决，集安组织将向两国提供必要援助。”
经过艰难的谈判，1月28日6时许，塔吉克斯坦与吉尔吉斯斯坦达成了全面停火的协议。“（吉方和塔方）就全面停火、双方将增派至边境的部队和设备撤至原永久部署地点、开放巴特肯-伊斯法纳公路沿线交通、两国边境地区执法人员开展联合巡逻以防止冲突成了协议。”
吉尔吉斯斯坦与塔吉克斯坦边界总长约970公里，苏联解体后，迄今仍有460公里并未准确划定。即便在划定的边界，两国边境居民也常常因为水源、牧场等资源发生冲突。去年4月，两国曾爆发过一次规模不小的枪战，冲突共造成约200人死伤。
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