2021年12月20日，第十三轮日中海洋事务高级别磋商以视频方式举行。磋商由中国外交部边界与海洋事务司司长洪亮和日本外务省亚洲大洋洲局局长船越健裕共同主持。中国外交部、中央外办、国防部、自然资源部、生态环境部、交通运输部、农业农村部、中国海警局及日本外务省、内阁官房、水产厅、资源能源厅、海上保安厅、环境省和防卫省分别派员参加。
双方举行了全体会议和海上防务、海上执法与安全、海洋经济三个工作组会议，围绕两国间的涉海问题及推进双边海洋领域务实合作深入交换意见。双方一致同意，着眼构建契合新时代要求的日中关系，全面落实近期两国领导人通话达成的重要共识和四点原则共识，妥善管控海上矛盾分歧，持之以恒推动务实交流，增进涉海人员交往互动，切实维护海洋安全稳定，将东海打造成和平之海、合作之海、友好之海。
日方重申了在“尖阁诸岛”（钓鱼岛及其附属岛屿）等问题上的严正立场，就中方海警船侵入领海的行为，要求立即停止。同时，日方对东海局势、南海局势表示严重关切，并再次提出维护台湾海峡和平与稳定的重要性。此外，还就以中国在其周边海域日益活跃的军事活动等海洋、安全保障领域课题，重申了日方的立场和担忧，强烈要求中方规范行为。
双方就具体合作达成以下共识：
一是充分肯定防务部门海空联络机制直通电话对接验证取得的积极进展，确认将签署相关技术协议，力争实现线路尽早开通。双方同意继续开展防务交流。
二是中国海警局与日本海上保安厅继续在打击海上犯罪、执法人员交流等方面展开合作，支持中国海警学院与日本海上保安大学开展交流。
三是中国海上搜救中心与日本海上保安厅继续在《日中海上搜救协定》框架下开展海上搜救联合演练，进一步加强地方窗口单位之间的合作，共同维护海上航行安全。
四是积极评价海洋环保交流成果，同意利用即将召开的第三届“日中海洋垃圾专家对话平台暨日中海洋垃圾学术研讨会”，促进海洋塑料垃圾合作。
五是继续就打击非法捕鱼、北太平洋渔业资源养护开展合作。同意通过谈判磋商探讨解决渔业领域存在的问题，全面落实《日中渔业协定》。
六是加强双方涉海部门人员交流，增进互信。
双方还就加强海洋科研合作、发展蓝色经济的技术交流等进行了交流。中方再次对日本向海洋排放核污染水计划表示关切和反对，敦促日方审慎处理福岛核污染水问题。
双方原则同意，明年上半年举行第十四轮日中海洋事务高级别磋商。